1、 用诉讼时效规定
用人单位仅承担二年内加班工资的举证责任， 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条及《最高人民法院关于民事证据若干规定》中七十五条的规定，劳动者有证据证明，与加班争议有关的证据系由用人单位掌握的，用人单位应如实提供，用人单位拒不提供的，由用人单位承担不利后果。《北京市工资支付规定》第十三条规定：“用人单位应当按照工资支付周期编制工资支付记录表，并至少保存二年备查。工资支付记录表应当主要包括用人单位名称、劳动者姓名、支付时间以及支付项目和金额、加班工资金额、应发金额、扣除项目和金额、实发金额等事项。”故根据该条规定，用人单位，应当对劳动者加班的证据及加班工资的支付凭证，保留两年备查，在两年期限内，用人单位具有法定的保留义务。因此，对劳动者要求支付超过两年的加班工资发生争议的，用人单位仅承担二年内加班工资的举证责任，提供最近2年的工资支付情况，考勤记录情况即可。
2、 提供考勤记录
《北京市关于劳动争议案件法律适用问题研讨会会议纪要》第20条明确，劳动者仅凭电子打卡记录要求认定存在加班事实的，一般不予支持。经用人单位和劳动者予以确认的考勤记录可以作为认定是否存在加班事实的依据。
用人单位应该提供考勤记录。电子考勤记录或由用人单位单方记录的考勤记录，其他由电子设备直接生成或由用人单位自己掌握的考勤记录即可。从目前我们掌握的案例来看，考勤记录被伪造或篡改的可能性极大，确实存在用人单位在劳动争议发生后伪造或修改的可能。原则上，考勤记录应由劳动者签字确认才能作为证据，但现实情况又是大多单位的考勤记录均没有要求员工签字确认。大部分用人单位的用工管理制度尚不健全，特别是中小企业的用工制度很不完善，尚未建立电子考勤记录或签到记录的劳动者确认制度，若一刀切的对未经劳动者签字的考勤记录一概不予采信，对用人单位而言有失公平。因此，在用人单位提供未经劳动者签字的考勤表时，若能同时提供其他的相关证据，比如请假条等，并能与考勤表相互印证的，应对用人单位提供的考勤表予以采信。法院采纳考勤记录的案例很多。
3、 事先防范
企业可采取如下办法来明确加班工资的支付，既不增加企业用工成本，又维护人员的稳定，减少劳动争议纠纷的发生。
第一，首先明确对每一个普通员工张三，单位愿意支出的具有竞争力的月用工成本为多少，正常的工作时间为多少。如某餐饮公司招用一个普通服务员，月工资为2200元，每周工作6天。
第二，在劳动合同中劳动合同、薪酬通知单或者薪酬管理制度中明确约定，张三的基本工资为每月800元或不低于北京市最低工资标准，且该“基本工资”为加班工资的计算基数。
第三，制定一个员工薪酬通知单或者工资条，告知员工其每周工作天数通常为6天，即每周可休息一天，具体工资组成为基本工资800元、加班工资为300元[800/21.75*4*200%]。其他部分1100元可作为奖励、补贴发放。
海淀区仲裁驳回加班费请求的案例
案例：
文某于
庭审争议焦点：
文某认为：加班工资的举证责任，应由某能源公司承担，并要求能源公司提供由文某确认的考勤记录，以证明其加班情况，并对能源公司提供的未经其签字确认的考勤记录不予认可。
某能源公司认为：根据“谁主张、谁举证”的举证原则，文某应就其加班的事实，承担举证责任，否则，应承担举证不能的法律后果，且我公司考勤记录系打卡生成，无需文某确认，不同意支付加班费。
裁判结果：海淀仲裁委认为，文某对考勤记录虽不予认可，但未提供相反的证据证明，根据“谁主张、谁举证”的原则，驳回文某的全部请求。